第四章：真实の奥の奥

剧情：虽然找到了一些线索，但是制造贤者之石的材料竟然是活生生的人，尽管如此，为了找寻制造贤者之石的地点，兄弟二人还是来到了第五研究所一探究竟。这里完全被封闭了，爱德只能从通风管道进入，阿尔由于身体巨大，只能在外面等待了。
攻略：一开始用阿尔的猫大炮干掉障碍物，往前走要小心那些闸刀机关。走到第3个场景后需要用触摸屏按照指定的脚印来走，否则会中机关损HP，如果HP多的话，按错也无所谓啦。继续前进会遭遇滚石陷阱，这又是一个小游戏，用触控笔点击两边的鞋子，按得慢就会被压到，稍微有些难度，多练练吧。爱德虽然成功躲过了陷阱，但外面的阿尔却遭遇了守卫者巴利。干掉巴利后镜头转向爱德，他也遇到了自称守卫者48号的铠甲武士，战斗在所难免，小心应战。干掉这家伙后继续前进，基本没有多少敌人，全是机关，毒气机关直接跑过去就行，而尖刺机关这回长了不少，可以用更高级别的墙壁跳过去，地上的木桶是垫脚的，用不着干掉。到达最里面的房间后要连续收拾3只合成兽，一只比一只大，不过都是外强中干的家伙，当心最后一只的喷火和冲撞就行了。大串剧情过后完小游戏吃烤鱼，不光要躲过蒙面男的眼睛，而且还要用点触方式对付前来偷吃食物的狐狸，不要走得太快，别忘了用喇叭叫阿尔跟上，兄弟2人必须都走到拐角处才能往上走。
BOSS战攻略：巴利的武器是手上的双刀，喜欢跳来跳去砍人，会远距离扔刀，而且刀还能往返，当他被打倒再爬起后会开始乱砍，躲着点就行了，觉得烦人可以在他乱砍的时候给他一炮也行，况且阿尔的防御力很强，硬拼都没问题。守卫者48号的实力比巴利要强一些，平时任何攻击都能挡住，要跑到左下或右上角的岩石处利用炼金术造出阿尔的石像来吸引他的注意力，当他把目标转向石像时绕到背后把他的头打下来，没有头了之后就可以攻击了，不过要注意此时他会放远距离剑气。